倒置显微镜的组成和普通显微镜一样，只不过物镜与照明系统颠倒，前者在载物台之下，后者在载物台之上，用于观察培养的活细胞，具有相差物镜。倒置显微镜和放大镜起着同样的作用，就是把近处的微小物体成一放大的像，以供人眼观察。只是显微镜比放大镜可以具有更高的放大率而已。这样人们就可以更方便的观察一些细小的微生物了。

    倒置显微镜工作时当同一种光通过细胞时，由于细胞不同部分对光的折射率不同，通过细胞的光线和未通过细胞的光线便可以产生相位差。合光的振幅减小，物体图像变暗。如果相位相同，则合光的振幅增大，图像变亮，则可以产生明暗不同的图像。倒置显微镜不能用有机溶液清擦其它部件表面，特别是塑料零件，可用软布蘸少量中性洗涤剂清擦。

    倒置显微镜仪器工作的间歇期间，为了防止灰尘进入镜筒或透镜表面，可将目镜留在镜筒上，或盖上防尘塞，或用防尘罩将仪器罩住。这样做的好处是抵制一些细菌的倾入，保证仪器的清洁。倒置显微镜装配设计上趋于采用组合方式，集普通光镜加相差、荧光、暗视野、摄影装置于一体，从而操作灵活，使用方便。利于人们对标本的制作和采集。